Depuis 1988, Eric Ledeuil a eu l’occasion de diriger des formations amateurs et professionnelles, à la fois pour la création de ses propres œuvres mais aussi lors de divers spectacles dont il a été le responsable artistique. Il entame des études approfondies de direction d'orchestre dans les classes de Nicolas Brochot et Jean-Jacques Werner et suit les cours de Laurent Cuniot pour la direction d’œuvres contemporaines.
Il est le fondateur de plusieurs orchestres d’élèves en conservatoires dans lesquels il a enseigné, dont notamment l’orchestre de flûtes de Meaux qu’il dirige toujours aujourd’hui.
Dans le cadre du Concours international de flûte traversière « Jeunes Espoirs », il crée le Nouvel Ensemble Orchestral dont il est actuellement le directeur musical.